Trường trung học cơ sở Kunugigaoka là một trong những trường tư thục tốt nhất ở Tokyo, Nhật Bản khi rất nhiều học sinh từ ngôi trường này thành công thi vào các trường phổ thông trọng điểm và có tương lai rộng mở nơi cánh cửa đại học.

Tuy nhiên, nơi này che dấu một bí mật với công chúng rằng các mã số lớp học chính là một hệ thống phân biệt, kỳ thị. Lớp A dành cho các học sinh xuất sắc, các lớp B, C, D sẽ kém dần và lớp E bị xếp vào "thành phần ô uế, tệ hại, dưới đáy của xã hội". Những học sinh tại lớp E đều là những người có thành tích học tập kém hoặc từng có những hành vi không tuân theo nội quy của trường.

Cho đến gần một năm về trước, một sinh vật kỳ lạ có hình dạng là con bạch tuộc màu vàng, cao hai mét, trong bộ đồng phục tú tài xuất hiện. Hắn đưa ra yêu cầu với Liên Hợp Quốc rằng hắn muốn dạy cho các em học sinh lớp 3-E tại Trường sơ trung Kunugigaoka. Nếu không, hắn sẽ làm nổ tung Trái Đất như cách hắn đã làm bay mất bảy mươi phần trăm của Mặt Trăng.

Mang theo phương thức giáo dục kỳ lạ rằng "các học sinh lớp 3-E phải thành công giết thầy giáo trước khi năm học kết thúc thì mới được tốt nghiệp", một lớp học kỳ lạ cứ thế được ra đời. Các học sinh trở thành những sát thủ và mục tiêu là người thầy bạch tuộc, với cái tên được học sinh đặt cho là Korosensei, nghĩa là người thầy không thể bị giết.

Hôm nay chính là phiên trực nhật sau giờ học của Shiota Nagisa và cô bạn có mái tóc xanh ngọc bích ngồi bên trái cậu Kayano Kaede. Công việc ngoài những cái cơ bản như quét phòng học, lau cửa sổ, lau bàn học, thì còn có gom lại những viên đạn BB sau những màn ám sát của các bạn trong suốt ngày học hôm nay.

"Còn ba viên ở gần bục giảng và hai viên ở chỗ ngồi của Terasaka nữa là hết rồi đó." Người bạn A.I Ritsu dùng radar từ hệ thống của mình quét khắp lớp học giúp bạn mình tìm kiếm.

"Cảm ơn cậu nhé, Ritsu! Nhờ có cậu thì mấy việc này nhanh hơn hẳn đó!" Nagisa vui vẻ nói.

"Không có gì đâu! Xong sớm, về sớm!"

Nagisa và Kayano sau khi hoàn tất công việc trực nhật thì cất dụng cụ vệ sinh, mặc áo khoác, và đóng cửa ra về. Ra đến trước sân, họ bắt gặp hai bóng hình quen thuộc. Một cậu bạn điển trai với mái tóc đỏ rực và một cô bạn với mái tóc xanh dương đậm cột thấp hai bên. Đó là hai học sinh khác của lớp 3-E, Akabane Karma và Konoe Sena.

"Karma, Konoe, hai cậu chưa về à?" Kayano hỏi thăm.

"Dù sao chút nữa cũng ra thư viện thị trấn học nhóm với Kanzaki, Sugino, và Okuda, thôi thì tụi mình đợi rồi đi chung luôn. Mấy cậu ấy ra đó trước để lấy chỗ rồi." Karma đáp lời.

"Bài tập về nhà lần này chỉ có viết tiểu luận nêu cảm nhận cá nhân về phi vụ lấy dữ liệu ở Trạm Không Gian Quốc tế vừa rồi." Konoe cảm thán, "Không ngờ, chúng ta cũng có ngày làm mấy chuyện điên rồ như nghiên cứu, tráo hình nộm, và đưa học sinh sơ trung lên vũ trụ."

"Có một người thầy giáo là sinh vật như người ngoài hành tinh thì chuyện quái gì cũng có thể xảy ra mà." Karma cười khẩy khi nghĩ về chuyến đi lên không gian không tưởng vừa rồi.

"Mọi người, học xong tụi mình đi ăn gì đó đi! Dạo gần đây tớ phát hiện nhiều quán được đánh giá khá tốt trên mạng và có chương trình giảm giá đó! Với lại hôm nay bài tập về nhà không nhiều." Kayano bất chợt hào hứng đề nghị.

"Ý hay đó! Thời tiết se se thế này thì cơm cà ri cốt lết, ramen, hoặc lẩu là lựa chọn không tồi." Nagisa đồng tình, "À mà này, Korosensei đâu rồi? Không thấy thầy ấy từ nãy đến giờ."

"Bay qua Hawaii để ăn món loco moco và poké rồi." Karma trả lời.

Konoe liếc nhìn điện thoại trên tay và thấy đã sắp đến giờ hẹn nên đành phải bảo mọi người di chuyển: "Tụi mình đi thôi nào, vừa đi vừa nói. Mấy cậu ấy còn đang đợi ở thư viện đó."

Bốn người bạn cùng nhau đi bộ về. Vì lớp 3-E là lớp học bị cả Trường Kunugigaoka kỳ thị nên họ bị sắp cho một phòng học ở một ngọn núi phía sau trường, tách biệt với toàn bộ trụ sở chính. Nhưng trong cái rủi lại có cái may khi đây là môi trường học tập ám sát vô cùng lý tưởng, tránh khỏi tai mắt của bên ngoài.

Khi đi xuống những con dốc, Nagisa bỗng nhiên nghe thấy một âm thanh kỳ lạ: "Hãy đi theo ta... về phía này..."

Nagisa bất ngờ, cậu bèn nhìn quanh để xem có ai không nhưng rồi lại không thấy gì. Các bạn thấy Nagisa bỗng nhiên có hành động lạ nên hỏi thăm.

"Nagisa, có chuyện gì vậy?"

"Tớ nghe thấy tiếng gì đó... các cậu có nghe thấy không?"

"Bọn tớ không nghe thấy gì cả." Kayano trả lời trong nghi hoặc.

"Cậu ổn chứ? Cảm thấy không khoẻ sao?" Konoe tỏ vẻ lo lắng.

"Tớ không biết nữa... rõ ràng tớ vẫn mạnh khoẻ, vẫn tỉnh táo, nhưng sao lại nghe được mấy giọng nói kỳ lạ..." Nagisa đáp lời các bạn nhưng rồi cậu lại nghe những âm thanh đó một lần nữa.

"Hãy đến đây... mọi thứ đã được chuẩn bị sẵn sàng..."

Nagisa hoảng hốt. Tại sao chỉ có cậu lại có thể nghe thấy những giọng nói kỳ lạ này? Đến cả người có đôi tai siêu thính như Konoe Sena cũng không nghe thấy gì cả. Chuyện gì đang xảy ra vậy?

Âm thanh đó lại vang lên một lần nữa và nó kích thích trí tò mò của Nagisa. Cậu quay lên dốc, trở lại khoảng sân trước toà nhà lớp 3-E, và cố gắng lần theo âm thanh kỳ lạ trong đầu mình. Dần dần, Nagisa không còn là chính mình nữa khi cậu bước đi trong mơ hồ. Những người bạn cố gắng theo sau chân cậu, gọi cậu quay lại nhưng dường như không thể lọt vào tai Nagisa.

Bỗng nhiên, một chiếc hố không gian đen ngầu xuất hiện như một cơn lốc hút tất cả mọi thứ xung quanh vào trong, nó lớn dần và như mời gọi Nagisa khiến cậu không tự chủ được mà tiến vào bên trong. Karma, Kayano, và Konoe cố gắng giữ Nagisa lại nhưng không thành khi sức của ba thiếu niên không thể địch lại được thế lực siêu nhiên bí ẩn từ đâu bỗng xuất hiện.

"Đã đến lúc kết thúc kỷ nguyên của siêu anh hùng..." Giọng nói vang lên một cách rõ ràng từ chiếc hố không gian.

Hố không gian kỳ lạ nuốt chửng Nagisa, rồi cứ thế biến mất và mang theo một nam sinh của lớp 3-E.

"Nagisa!" Cả ba hét lên trong vô vọng. 

Tin tức Nagisa biến mất nhanh chóng được Ritsu thông báo đến cho toàn bộ lớp 3-E ngay sau đó. Korosensei từ Hawaii tức tốc bay về lại Tokyo để xem xét tình hình và trấn an ba học sinh có mặt tại hiện trường, đồng thời đưa họ về nhà an toàn.

Một cuộc tìm kiếm diễn ra suốt đêm và kéo dài đến sáng hôm sau.

Korosensei liên tục bay khắp các ngóc ngách trên Trái Đất để tìm ra khe hở không gian đó. Karasuma Tadaomi, người thầy dạy thể dục cho lớp 3-E và còn là đặc vụ cấp cao của Bộ Quốc phòng Nhật Bản, cũng cố gắng dùng mối quan hệ và công nghệ của Bộ để tìm kiếm Nagisa. Phối hợp với hai thầy chính là Ritsu, nữ sinh trí tuệ nhân tạo của lớp. Cô bé sử dụng toàn bộ khả năng của mình, thâm nhập vào cơ sở dữ liệu của các chính phủ trên thế giới để tìm kiếm thêm thông tin. Và nhiệm vụ quản lý lớp 3-E được giao cho Irina Jelavic, nữ giáo viên ngoại ngữ và cũng là một sát thủ chuyên nghiệp. Cô đang cố gắng hết sức giúp đỡ các học sinh của mình vào khoảng thời gian vô cùng khó khăn này.

Toàn bộ lớp 3-E hiện tại không ai có tâm trạng cho việc học khi người bạn quý mến của mình bị mất tích. Mọi người đều rất muốn giúp hai thầy giáo tìm kiếm Nagisa nhưng theo lời kể của ba người có mặt ở hiện trường thì chuyện xảy ra còn khó hiểu hơn cả thân thế của Korosensei. Dường như việc này có liên quan đến một thế lực siêu nhiên nào đó. Nếu như họ trực tiếp tham gia giúp đỡ thì xác xuất gặp rủi ro rất lớn nên các thầy cô không cho phép học sinh của mình đụng chạm đến việc này.

Ba người Karma, Kayano, và Konoe có mặt lúc đó là những người lo lắng và tự trách nhất. Họ không thể giữ Nagisa lại và họ vẫn đang không hiểu rằng câu nói từ khe hở không gian kia có nghĩa là gì. Kết thúc kỷ nguyên của siêu anh hùng? Đó là cái gì vậy? Nagisa tuy là một người tốt bụng nhưng cái danh siêu anh hùng không thích hợp với cậu ấy lắm. Rốt cuộc chuyện điên rồ gì đang diễn ra thế này?

Họ không thể làm gì khác ngoài cầu nguyện và hy vọng vào một phép màu.

"Nagisa, cậu nhất định không được phép xảy chuyện không may gì..."