Diễn ra vài năm sau sự kiện Honkai Impact 3rd, Welt Yang du hành đến một vũ trụ song song để bắt đầu một cuộc hành trình mới.

Câu chuyện bắt đầu tại một vũ trụ song song khác khi Liana Kaslana, Chung Yên Luật Giả (Herrscher of The End) đồng thời là Anh Kiệt Trục Hoả thứ 14 mang danh hiệu "Vận Mệnh" đột nhiên gặp được Aeon Fuli và được ngài trao cho Vận Mệnh Ký Ức. Sau đó, Liana bị dịch chuyển đến Trạm Không Gian Herta và tìm được thanh kiếm thuộc về Murata Himeko trong số các Vật Thể Lạ trong Trạm Không Gian.

Cũng vào lúc đó, hai thành viên phi hành đoàn Đội tàu Astral, March 7th và Dan Heng đang vận chuyển những Di vật đến Trạm Không Gian Herta. Một ngày nọ, một nhóm Chiến Binh Hư Không xâm nhập Trạm và bắt đầu tấn công mọi người. May mắn thay, Liana tình cờ gặp được March 7th và Dan Heng, rồi cô cùng nhà nghiên cứu Asta và Trưởng bộ phận an ninh Arlan đã chống lại chúng.

Nhân lúc hỗn loạn, Kafka và Sói Bạc, hai kẻ đào tẩu bị truy nã đã lẻn vào Trạm Không Gian để đánh cắp Stellaron (Khối U của Vạn Giới), với mục đích đặt vào trong cơ thể của một người nhân tạo được gọi là "Nhà Khai Phá - Stelle".

Liana, March và Dan Heng sau đó tìm thấy Stelle đang bất tỉnh và chuyển về Trạm tìm Arlan, nhưng bất ngờ bị phục kích bởi Trample và các Chiến Binh Hư Không. Himeko đã cứu được nhóm và giải thích về tình hình hiện tại. Ngay sau đó, một con quái vật khổng lồ của Quân đoàn được mệnh danh "Quái thú Tận thế" đã phá hủy khiên chắn của Trạm Không Gian Herta. Asta ra lệnh cho những người khác chạy trốn trong khi cô ở lại chiến đấu cầm chân quái vật.

Cả nhóm cùng Liana và Stelle đã trốn thoát được và khi họ đặt chân đến Khu Tầng Trên, Doomsday Beast phục kích nhưng nhanh chóng bị đánh bại. Tuy nhiên, con quái vật đã giải phóng sức mạnh khiến March 7th gặp nguy hiểm, nhưng Stelle đã che chắn cho cô. Stelle nhìn thấu tương lai của mình, khiến Stellaron bên trong bộc phát và tiêu diệt Doomsday Beast. Stelle không thể kiểm soát sức mạnh của chính mình, cho đến khi Liana và Welt vừa mới đến cùng dùng sức mạnh Luật Giả (Herrscher) khiến Stellaron ổn định trở lại.

Cuộc gặp bất ngờ giữa Liana và Welt khiến cả hai người họ không khỏi kinh ngạc. Welt đưa Liana đến Đội Tàu Astral và giải thích cho cô ấy nghe về vũ trụ song song này cũng như những thông tin cơ bản về nó. Đồng thời, Liana cũng giải thích cho Welt một điều về mình và lý do tại bản thân lại ở đây.

Sau đó, Liana cùng Stelle gia nhập Đội tàu Astral và bắt đầu hành trình khai phá của họ.