Sau khi giết chết được Voldemort và giành lấy chiến thắng.Cậu - Harry Potter đã công khai mối quan hệ với anh - Draco Malfoy đã khiến mọi người ngạc nhiên cùng với đó là sự phản bội đối nghịch của người bạn người anh của cậu - Ronnal Weasley đã công khai cậu là trường sinh linh giá của Voldemort khiến cậu bị truy sát và anh vì đỡ cho cậu một avarda mà chết.Khiến cậu lâm vào hoàn cảnh sống dở chết dở.Thế giới phù thủy hoàn toàn quay lưng với cậu.Bạn bè cũng quay lưng với cậu.

Chưa ai từng coi cậu là một cậu bé bình thường,chưa ai từng coi cậu là Harry chỉ Harry thôi chứ không phải là Cậu bé đại nạn không chết hay Cứu thế chủ hay Cậu bé vàng.Nhìn vào cậu và chỉ thấy Harry chứ không phải nhìn vào để thấy bóng hình ba mẹ cậu trên người cậu.Cậu chưa từng sống một cuộc sống bình mà một cậu bé nên sống với đúng tuổi của một mình.

Khi còn nhỏ,phù thủy bóng tối ác độc và quyền năng nhất lịch sử, Chúa tể Voldemort, đã ám sát vợ chồng James Potter và Lily Potter nhưng biến mất bí ẩn sau khi không giết được con trai nhỏ của họ là cậu. Trong khi thế giới phù thủy ăn mừng sự sụp đổ của đế chế Voldemort, giáo sư Albus Dumbledore, giáo sư McGonagall và người lai khổng lồ Rubeus Hagrid đã gửi đứa trẻ mồ côi mới một tuổi đến cho gia đình người Muggle gắt gỏng và lạnh lùng, Vernon và Petunia Dursley cùng với con trai của họ là Dudley chăm sóc. Trong mười năm sống ở căn nhà số 4 phố Privet Drive, cậu liên tục bị vợ chồng Vernon lạm dụng cũng như bị đứa con trai hư hỏng của họ là Dudley bắt nạt.

Cuộc đời của cậu thay đổi vào đêm ngày sinh nhật thứ 11 của cậu khi cậu nhận được thư nhập học tại trường Ma thuật và Pháp thuật Hogwarts, do người lai khổng lồ Rubeus Hagrid chính tay gửi cho cậu. Trước đó nhiều bức thư Hagrid gửi cho cậu đều bị vợ chồng Vernon và Petunia phá hủy.

Hagrid giới thiệu cậu vào thế giới phù thủy khi đưa cậu tới một con phố bí mật ở Luân Đôn gọi là Hẻm Xéo, nơi cậu được tặng món quà sinh nhật là chú cú trắng "Hedwig" cũng như nhiều dụng cụ học tập. Sau đó Hagrid dẫn cậu đến ngân hàng phù thủy Gringotts, nơi ông tiết lộ về tài sản thừa kế từ cha mẹ quá cố của cậu trong hầm của cậu. Tại đây, cậu rất ngạc nhiên khi biết mình nổi tiếng đến mức nào trong giới phù thủy, có người còn đặt biệt danh cho cậu là "cậu bé sống sót". Một tháng sau, cậu rời nhà Dursley để bắt chuyến tàu tốc hành Hogwarts từ sân ga 9¾, một địa điểm bí mật đưa cậu tới Hogwarts ở nhà ga ngã tư vua. Trên tàu, cậu nhanh chóng kết thân với hai người bạn cùng học năm nhất là Ron Weasley và Hermione Granger, một cô bé hợm hĩnh và tỏ ra hứng thú với phép thuật, khiến hai cậu bé lúc đầu không ưa gì cô. Tại đây, cậu cũng trở thành kẻ thù với bạn học cùng năm nhất khác là Draco Malfoy vì Draco tỏ ra thành kiến với Ron về những khó khăn tài chính của cậu bạn mình, nên Harry cũng từ chối lời đề nghị "kết bạn" của Draco.Khi bước chân vào Hogwarts, các học sinh năm nhất được chiếc Nón Phân loại xếp vào Nhà phù hợp nhất với tính cách của từng người; bốn Nhà lần lượt là Gryffindor, Slytherin, Hufflepuff và Ravenclaw. Khi nghe Ron kể về danh tiếng của Nhà Slytherin gắn với những phù thủy bóng tối tiềm năng, Harry đã thuyết phục Nón Phân loại đưa cậu vào Nhà Gryffindor, dù trước đó Chiếc Nón tuyên bố rằng cậu có tiềm năng phát triển ở Slytherin. Buổi lễ phân loại kết thúc khi  Harry, Hermione và Ron được phân vào Nhà Gryffindor, trong khi Draco được phân vào Nhà Slytherin giống như gia đình nó trước kia.

Khi bắt đầu nhập học tại Hogwarts, Harry phát hiện tài năng thiên bẩm về cưỡi chổi bay và được chọn làm Tầm thủ trong đội Quidditch (một môn thể thao thi đấu chơi trên không trung của phù thủy) của nhà Gryffindor. Cậu cũng không ưa Severus Snape, giáo viên dạy môn Độc dược kiêm chủ nhiệm nhà Slytherin; ông luôn tỏ thái độ thiên vị cho thành viên của Slytherin cũng như liên tục tìm kiếm cơ hội để phạt Harry và bạn bè của cậu. Malfoy đã lừa Harry và Ron tham gia một trận giao đấu phù thủy tại phòng truyền thống để dụ hai cậu lẻn khỏi phòng vào ban đêm, đồng thời bí mật tiết lộ cho thầy Flich về chuyện này. Sau nỗ lực ngăn cản hai cậu không thành của Hermione, cô buộc phải đi cùng chúng vì bị khóa ngoài ký túc xá và Bà Béo, người phụ nữ bảo vệ lối vào ký túc xá của Nhà Gryffindor, đang đi dạo. Harry, Ron và Hermione tìm thấy Neville đang ngủ trên sàn nhà ở bên ngoài vì cậu quên mất mật khẩu phòng sinh hoạt chung. Khi chúng đến phòng truyền thống thì không thấy Malfoy đâu cả và Flich đột nhiên bước vào phòng tìm chúng. Cả bọn chạy trốn và cuối cùng tìm đến một cánh cửa bị khóa, Hermione liền mở cửa với câu thần chú đơn giản. Bốn đứa phát hiện ra một con chó ba đầu đang đứng canh một chiếc cửa sập trong khu vực cấm của trường.

Năm học đang yên bình thì bị gián đoạn khi một con quỷ khổng lồ xổng ra và đi vòng quanh trường. Khi Harry và Ron tìm Hermione để cảnh báo về con quỷ thì vô tình đụng mặt nó trong nhà vệ sinh nữ, nơi Hermione đang khóc trong đó vì Ron đã thốt ra một lời nhận xét khó chịu về cô bé. Tuy nhiên hai cậu đã kịp thời giải cứu Hermione và hạ gục con quỷ khổng lồ, từ đó cô bé và hai cậu bạn trở thành tri kỷ của nhau. Khi phát hiện vết thương ở chân của Snape, cùng với những sự kiện gần đây thì đám bạn ngày càng nghi ngờ Snape đang tìm cách đột nhập vào cửa sập. Hermione đã cấm hai cậu bạn điều tra vì sợ bị đuổi học, thay vào đó cô bé muốn Harry chú ý nhiều hơn đến trận đấu Quidditch đầu tiên của cậu. Trận đấu diễn ra tốt đẹp cho đến khi chổi của cậu bị chao đảo giữa không trung và suýt hất văng cậu xuống đất. Điều này khiến Hermione nghi ngờ Snape chơi xấu khi thấy ông hành xử kì quặc. Sau khi dư âm của trận thắng giảm bớt, vào dịp Giáng Sinh, Harry nhận được một chiếc Áo choàng Tàng hình từ một người giấu tên nói rằng nó thuộc về cha cậu. Sử dụng chiếc áo để khám phá trường vào ban đêm và điều tra đồ vật bí ẩn giấu dưới cửa sâp, cậu vô tình phát hiện ra Tấm gương Ảo ảnh, nơi Harry nhìn thấy cha mẹ của mình, mong ước sâu thẳm của cậu trở thành sự thật.

Trong một chuyến thăm đến ngôi nhà nhỏ của Hagrid ở chân đồi, Harry, Ron và Hermione tìm thấy một tờ báo cho biết đã có một vụ trộm ở hầm Gringotts — cùng nơi mà Harry và Hagrid đã ghé qua trong khi mua dụng cụ học tập. Nhờ lời nói bất cẩn từ Hagrid, Harry và đám bạn bắt đầu tìm kiếm một vật cất giữ trong trường là hòn đá giả kim, do một người bạn cũ của cụ Dumbledore là Nicolas Flamel tạo ra. Đá giả kim giúp người dùng nó trở nên bất tử cũng như có thể biến kim loại thành vàng nguyên chất. Một nhân mã mà Harry gặp trong rừng cũng thông báo với cậu rằng âm mưu đánh cắp đá giả kim do một kẻ điều khiển không ai khác chính là Voldemort, hắn sẽ sử dụng nó để tái tạo lại cơ thể và trở lại thống trị. Khi cô McGonagall thông báo rằng cụ Albus Dumbledore đã rời Hogwarts tới Luân Đôn, bộ ba lo sợ rằng sắp có một vụ trộm hòn đá giả kim và quyết định cùng đi xuống cửa sập để bảo vệ nó.

Sau khi xuống cửa sập, Harry, Ron và Hermione gặp phải một loạt chướng ngại vật, mỗi thử thách đòi hỏi kĩ năng của một trong ba người. Hermione đã giải cứu cả bọn khởi Tấm lưới sa tăng đang cuốn chặt chúng bằng phép tạo lửa. Sau đó Ron cũng hy sinh thân mình để giúp cả bọn giành chiến thắng trong ván cờ phù thủy. Khi chỉ còn một mình Harry bước tới căn phòng cuối cùng, cậu phát hiện Quirinus Quirrell, giáo viên dạy môn Phòng chống Nghệ thuật Hắc ám. Sau đó cậu cũng hiểu ra chính Quirrell là kẻ đã ngầm đọc thần chú để hại cậu trong trận Quidditch và cũng là người thả bọn quỷ khổng lồ vào trường. Ngay từ đầu Snape đã luôn cố gắng bảo vệ Harry nhưng cậu luôn hiểu lầm thầy. Lúc bầy giờ Quirrell tháo khăn xếp đầu và để lộ ra khuôn mặt ở phía sau đầu, đó chính là khuôn mặt của Voldemort đã nhập hồn. Voldemort muốn vượt qua chướng ngại cuối cùng - Tấm gương Ảo ảnh và bắt Harry đứng nhìn vô tấm gương. Cậu nhìn thấy chính mình đang lấy viên đá từ trong túi ra và để nó lại đó, rồi cậu cảm thấy viên đá được thả vào chính túi quần của mình. Khi Quirrell cố gắng đoạt lấy hòn đá và giết Harry, da của hắn bị phồng rộp khi tiếp xúc với da của cậu bé và Harry nhanh tay nắm lấy mặt Quirrell thiêu sống hắn.

Harry tỉnh lại trong bệnh xá của trường. Cụ Dumbledore giải thích khi Harry còn nhỏ, cậu đã sống sót sau cuộc tàn sát của Voldemort bởi mẹ cậu đã hi sinh thân mình để cứu cậu, để lại một phép thuật bảo vệ đầy quyền năng trong máu cậu. Đó chính là nguyên nhân cậu có thể thiêu chết Quirrell, kẻ bị Voldemort nhập hồn với lòng tham và sự thù hận. Cụ cũng tiết lộ rằng chính cụ là người gửi cho Harry chiếc Áo choàng Tàng hình của cha cậu, và hiện giờ Quirrell đã bị tiêu diệt cũng như Viên đá bị phá hủy. Trong bữa tiệc cuối năm, cụ Dumbledore tặng thưởng 50 điểm/người cho Ron và Hermione, 60 điểm cho Harry và 10 điểm cho Neville để giúp nhà Gryffindor giật cúp Nhà ngay trước mũi Slytherin. Cuối truyện Harry tạm biệt hai người bạn để trở về Privet Drive để tận hưởng niềm vui và sự yên bình trong kì nghỉ hè.
Harry Potter nghỉ hè tại gia đình dì dượng Dursley trước khi nhập học năm thứ hai tại Học viện Pháp thuật và Ma thuật Hogwarts. Gia tinh Dobby xuất hiện bất ngờ và gây nhiều rắc rối, dẫn đến việc Harry bị khóa kín trong căn phòng trên lầu. Harry được giải thoát bởi bạn thân Ron Weasley cùng hai anh sinh đôi của Ron là Fred,George Weasley và trải qua những ngày còn lại của kỳ nghỉ ở nhà của Ron, Trang trại Hang Sóc.

Đến ngày trở về trường, Harry, Gia đình Ron và Hermione đi vào một phòng nơi ngoài cửa Kings Cross là tiệm Phú quý và Cơ hàn ở Luân Đôn. Khi tới ga 9¾, Ron và Harry bị Dobby cản đường đến Hogwarts. Hai người dùng chiếc xe ô tô bay đặc biệt của gia đình Weasley và bay tới trường. Nút tàng hình của chiếc xe bị hỏng, và có ít nhất 7 Muggle nhìn thấy cảnh này. Chiếc xe lao thẳng vào cây Liễu Gai vốn rất hung dữ, và Ron bị gãy đũa phép. Từ đó họ gây nhiều ồn ào và rắc rối ngay khi năm học bắt đầu.

Harry, Ron và Hermione bắt đầu học năm thứ hai tại trường Hogwarts. Họ có một giáo sư môn Phòng vệ Chống Nghệ thuật Hắc ám mới, Gilderoy Lockhart. Mặc dù không gây được ấn tượng với Harry và Ron, thầy Lockhart chiếm được tình cảm của các học sinh nữ như Hermione bởi sự đẹp trai và các câu truyện phiêu lưu màu sắc.

Năm học liên tục xảy ra các hiện tượng kì bí với lời đồn đại là Phòng chứa bí mật đã được mở ra. Bà Norris, con mèo của thầy giám thị, bị hóa đá và Harry bị nghi ngờ là thủ phạm. Sự kinh hoàng càng ngày lan rộng khi một số học sinh bị hóa đá ngay trong trường. Harry bị đồn đại là hậu duệ của Salazar Slytherin và là người đứng sau mọi việc.

Những người thân thiết xung quanh Harry lần lượt bị tách rời. Thầy Hiệu trưởng Albus Dumbledore bị cách chức, bác Giữ khóa Rubeus Hagrid bị tình nghi và bị giam vào ngục Azkaban. Cô bạn thân Hermione bị tấn công và hóa đá. Harry và Ron trong quá trình tìm hiểu bí mật về Phòng chứa đã đi sâu vào khu Rừng cấm và gần mất mạng khi gặp gia đình nhện khổng lồ Aragog.

Sự căng thẳng lên đến đỉnh điểm khi cô em gái Ginny Weasley của Ron bị bắt vào Phòng chứa bí mật. Harry và Ron từ những dữ liệu do Hagrid, Hermionie để lại đã tìm ra phòng chứa bí mật và giải oan cho lão Hagrid lúc này đã vào tù do bị tình nghi là người mở cửa phòng chứa. Lockhart lộ ra là một tên lừa đảo, hắn muốn bỏ trốn, nhưng bị Harry và Ron bắt phải theo cùng. Trên đường đi, 3 người xô xát đã làm Lockhart bị mất trí nhớ và lối vào bị phá, chỉ có một mình Harry có thể đến được Phòng chứa bí mật.

Tại đây Harry giải cứu Ginny khỏi sự điều khiển của Chúa tể Hắc Ám Voldemort, trong hình hài của Tom Riddle, ký ức lúc Voldemort còn là một học sinh của Hogwart. Harry chạm trán Tử xà Basilisk con quái vật trong Phòng chứa bí mật tuân theo lệnh của Tom Riddle. Nhờ sự giúp đỡ của con Phượng hoàng Fawkes của thầy Dumblerdore, Harry giết Basilisk bằng thanh gươm Gryffindor và tiêu hủy ký ức Tom Riddle bằng cách đâm chiếc nanh mãng xà vào cuốn nhật ký chết người mà Lucius Malfoy đã cố tình thả vào cặp của Ginny Weasley vào hồi đầu năm học. Chính ma thuật của cuốn nhật ký đã sai khiến Ginny mở cửa phòng chứa bí mật.

Cậu hiểu được lý do Dobby đã làm mọi thứ để ngăn mình tới trường nhằm bảo vệ mình, và cũng đã lừa Lucius Mafoy để trả tự do cho Dobby. Cậu cũng được thầy Dumbledore giúp cậu hiểu mình là một Gryffindor chân chính.

Cả trường ăn mừng chiến thắng. Cụ Dumbledore và bác Hagrid trở lại trường. Một mùa hè lại đến và cậu phải trải qua kỳ nghỉ với gia đình dì dượng Dursley.
Mùa hè năm thứ ba ở gia đình dì dượng Dursley của Harry thực sự trở thành địa ngục khi có sự xuất hiện của cô Marge. Bằng những lời lẽ thô bỉ, bà ta đã xúc phạm ba mẹ Harry, khiến cậu bị tổn thương và trong một phút nóng giận, Harry đã làm phép cho bà cô căng phồng lên và khiến bà ta bay đi.

Tức giận, Harry bỏ đi khỏi nhà dì dượng; trong đầu có ý tưởng sẽ đi rút hết tiền trong ngân hàng và sống với cuộc đời như bao tên tội phạm khác.

Tuy nhiên, một khúc ngoặt mới đã rẽ cho Harry khi chuyến Xe đò Hiệp sĩ suýt cán ngang người cậu, cùng con chó đen thui bí ẩn trong bụi rậm.

Trên xe, Harry tình cờ biết được "tên tội phạm nguy hiểm" là Sirius Black. Việc Harry không bị đuổi học do sử dụng phép thuật ngoài trường học là nhờ ông Bộ trưởng Bộ Pháp thuật giúp đỡ. Harry đã đến Hẻm Xéo và được tá túc trong những ngày trước khi nhập học. Tại đây cậu nhìn thấy cây chổi Tia Chớp, cây chổi mới nhất và được dùng cho cúp Quidditch Thế giới. Tại Hẻm Xéo, Harry gặp lại hai bạn thân của cậu là Hermione và Ron Weasley. Gia đình Weasley đến và đưa cậu đến nhà ga tốc hành. Trên tàu, họ ngồi cùng toa với giáo sư Remus Lupin - thầy dạy môn Phòng chống nghệ thuật hắc ám. Họ gặp bọn giám ngục Azkaban lần đầu tiên. Với tinh thần còn yếu đuối của cậu, Harry ngất xỉu, được thầy Lupin chữa trị tạm thời bằng cách cho cậu một thỏi kẹo sôcôla.

Trở lại trường học, Harry Potter được bảo vệ hết sức do nghi ngờ Sirius Black sẽ tìm cách giết cậu. Cả Ron, Harry và Hermione đều có những môn tự chọn cho mình. Riêng Hermione chọn tất cả các môn học và cô đều dự đầy đủ tất cả các lớp học mặc dù các tiết trùng giờ nhau. Ngoại trừ môn tiên tri là cô bé không học do không có tầm nhìn và không hề thích môn học này và Giáo sư Sybill Trelawney - người đảm nhiệm môn học này. Rubeus Hagrid trở thành thầy giáo dạy môn sinh vật huyền bí. Buckbeak là con bằng mã Hagrid đưa ra. Bác đã dặn là phải tôn trọng Buckbeak và Harry bất đắc dĩ làm mẫu, con bằng mã chấp nhận chở Harry bay trên trời nhưng lại tấn công Draco Malfoy vì đã sỉ nhục nó. Draco và cha hắn kiện lên Bộ Pháp thuật và con bằng mã bị xử chém. Một lần khi cãi cọ với bọn Malfoy, Hermione đã nhanh tay tát Draco Malfoy một cú trời giáng vì nó dám gọi bác Hagrid là:"Lão già thảm thương."

Giáo viên mới của môn Nghệ thuật Phòng Chống Hắc Ám là giáo sư Remus Lupin. Ông đã giới thiệu cho cả lớp bùa Riddikulus (Theo bản dịch của Lý Lan là Kì cà kì cục) áp dụng lên Ông Kẹ. Tuy nhiên đến phần thực hành của Harry Potter, cậu đã liên tưởng đến Giám ngục nên thầy Remus đã không muốn cho cậu thực hành.

Trong phòng học của mình Harry được thầy Lupin dạy thần chú gọi thần Hộ mệnh phòng khi bị bọn Giám ngục tấn công. Sau khi ghé qua căn chòi của bác Hagrid mấy phút trước khi con bằng mã Buckbeak bị xử tử hình, chúng đang đi qua cây Liễu roi trò chuyện để đi về trường thì Ron bị kéo tụt vào trong hang động, hai người còn lại theo vết Ron vào sâu bên trong. Và cả bọn phát hiện căn nhà nhỏ trong đó chúng gặp ba người: Thầy Remus Lupin, "Đuôi Trùn" Peter Pettigrew và Sirius Black. Qua lời kể của ba người Harry dần biết được mọi chuyện. Hồi nhỏ James Potter (ba của Harry) và ba người là bạn thân rất thích trêu chọc Severus Snape nên bây giờ Snape căm thù bọn họ. Khi bị Voldermort đuổi giết, James đã nhờ Đuôi Trùn là người giữ bí mật cho gia đình nhưng hắn đã phản bội.Hắn đã nói ra bí mật của gia đình Potter cho Voldermort biết.Kết cục là James và Lily Potter bị Voldermort giết chết.Cả nhà chỉ còn Harry Potter sống sót với vết sẹo hình tia chớp trên trán còn Voldermort biến mất. Sirius Black tìm ra Đuôi Trùn trả thù cho bạn nhưng hắn đã khéo léo tạo hiện trường giả, làm nổ tung một con đường và giết 12 muggle đứng xung quanh khiến Black bị bắt vào ngục Azkaban còn y trở thành con chuột già của nhà Weasley.

Black trốn ngục và tìm "Đuôi Trùn" qua mẫu báo đăng tin nhà Weasley trúng độc đắc, trong tấm hình có gia đình họ và con chuột cụt một ngón chân trên vai Ron trong chuyến đi Ai Cập.

Snape đã lần theo và bắt gặp cả bọn. Snape định bắt chú Sirius nhưng bị Harry, Ron và Hermione chống trả quyết liệt. Bắt đựoc Đuôi Trùn, khi bước ra ngoài, đó là một đêm trăng tròn, dưới ánh trăng thầy Remus biến thành người sói và quên hết tất cả, tấn công mọi người, Sirius biến thành một con chó to để ngăn lại. Thừa cơ hội đó, Đuôi Trùn biến thành chuột và bỏ chạy. Thầy Remus và Sirius họ chạy vào rừng được một lúc sau thì chú Sirius trở lại thành người và bị bọn Giám ngục vây quanh tấn công. Harry đọc thần chú Expecto Patronum gọi thần Hộ mệnh của mình nhưng không địch lại, cậu dần khuỵu ngã, vào lúc đó thấp thoáng một người đọc thần chú và con nai hai sừng phóng ra đuổi bọn giám ngục.

Harry tỉnh dậy trong bệnh thất, chú Sirius bị bắt trở lại và sắp bị nhận nụ hôn của Giám ngục. Hốt hoảng Harry và Hermione tìm cách giải thoát cho chú Sirius.

Thầy Dumbledore xuất hiện với những lời khuyên, gợi ý và báu vật. Thầy không lựa chọn cách đấu tranh bằng pháp luật để giải cứu Sirius vì thầy đã hiểu quá rõ nó, thầy chọn cách sử dụng thời gian, thứ có quyền năng vô hạn.

Bằng chiếc đồng hồ ngược thời gian Harrry và Hermione đến lúc con Buckbeak bị xử chém. Harry và Hermione đã cứu đuọc con Buckbeak và chú Sirius và tuân thủ đúng mọi điều kiện của phù thuỷ thay đổi dòng thời gian. Sirius đi với con Buckbeak vào giữa đêm rồi Harry và Hermione tìm đến chỗ mà trước đó họ bị giám ngục Azkaban tấn công để tìm hiểu xem người cứu họ có phải ba Harry. Tuy nhiên, không có ai xuất hiện và chính Harry đã tung lời nguyền Expecto Patronum để cứu Harry quá khứ đang gặp nguy.

Thầy Lupin tự nguyên xin rời khỏi trường do giáo sư Snape "vô tình" nói ra thầy là người sói, thầy không muốn phụ huynh các học sinh lo lắng. Thầy bị người sói cắn lúc nhỏ, vào Hogwarts được ba người bạn thân là James, Black và Đuôi Trùn giúp đỡ, cùng biến thành động vật vào những ngày trăng tròn.

Chú Sirius gởi cho Harry một cây chổi hiệu Tia Chớp cùng với giấy cho phép đi thăm làng Hogsmeade. Một mùa hè lại đến. Cả bọn chia tay nhau.

Năm 14 tuổi, cậu bị Barty Crouch hại buộc phải thi cuộc thi. Cậu đã cố giải thích nhưng Ron không tin.Trong lần thi thứ ba của cuộc thi đấu Tam Pháp Thuật, bốn người phải tìm ra được chiếc cúp của cuộc thi, nó đã được giấu đi bởi thầy giáo dạy môn Phòng chống Nghệ thuật Hắc Ám Alastor Moody.Cậu và Cedric Diggory đã cùng cầm lấy chiếc cúp nhưng thực chất đó chính là một khóa cảng. Hai người đã bay đến nghĩa địa của cha của Tom Riddle, nơi mà cậu đã đến trong giấc mơ hôm nào. Cedric bị "Đuôi Trùn" giết chết bằng lời nguyền Avada Kedavra, còn cậu thì bị trói ngay trên phần mộ của cha của Tom Riddle."Đuôi Trùn" lấy máu của kẻ thù của Voldermort (cậu) và thịt của bây tôi trung thành (chính hắn) và xương của cha Voldermort cho Chúa tể Hắc ám để Voldemort tái sinh một cách mạnh mẽ nhất và không còn sợ dòng máu của Harry nữa. Voldemort lại một lần nữa sống dậy, Harry thoát đựoc khỏi nghĩa địa, Bộ Pháp thuật lại không tin vào điều đó.

Năm 15 tuổi,trong kỳ nghỉ hè tại gia đình dì dượng Dursley trước khi bước vào năm thứ năm tại Hogwarts, Harry Potter không nhận được nhiều tin tức từ thế giới phù thủy. Harry rất bực mình vì Voldemort vừa mới được sống dậy mà hai người bạn của Harry, Hermione Granger và Ron Weasley cứ úp mở trong các thư từ họ gửi. Cậu kinh hã khi phát hiện ra cậu thích kẻ thù của một mình - Draco Malfoy.

Trong lúc kình cãi với Dudley trong khi về nhà từ công viên, Harry bị hai giám ngục Azkaban tấn công. Với phép Expacto Patronum (Hú hồn Thần hộ mệnh), Harry đã đẩy lùi bọn chúng nhưng Dudley đã bị tấn công. Một người hàng xóm, Arabella Figg, đến để giúp đỡ Harry, và tiết lộ rằng bà đã được Albus Dumbledore yêu cầu canh giữ Harry. Về đến nhà, Harry nhận một lá thư cho biết rằng cậu ta đã bị đuổi khỏi trường Hogwarts (vì học sinh không được phép dùng pháp thuật khi còn dưới 17 tuổi), và phải ra toà tại Bộ Pháp thuật để giải thích hành động của mình.

Một số thành viên trong Hội Phượng hoàng đến để dẫn Harry đến tổng hành dinh của hội, vốn là nhà của gia đình Black tại số 12 Quảng trường Grimmauld (12 Grimmauld Place). Nhà Dursley bị đánh lạc hướng bằng một giải thưởng.

Gia đình Weasley, Hermione và Sirius Black đang ở Grimauld. Harry bực tức vì theo lệnh của Dumbledore, không ai được phép cho Harry biết tình trạng cuộc chiến với Voldemort. Bộ trưởng Bộ Pháp thuật, Cornelius Fudge, không tin rằng Voldemort đã trở lại, và tờ báo The Daily Prophet hằng ngày đăng nhiều bài báo bôi nhọ Harry và Dumbledore.

Harry được ông Weasley dẫn đến toà án. Họ đến trễ vì thời gian và địa điểm của phiên toà đã thay đổi mà không cho họ biết. Dumbledore cũng đến và dẫn theo bà Figg để làm nhân chứng rằng Harry đã dùng pháp thuật để tự vệ. Harry được xoá tội. Khi họ ra về, Harry thấy Lucius Malfoy, một nhân vật trong nhóm Tử Thần thực tử khét tiếng đang thăm Fudge.

Harry và bạn bè trở về lại Hogwarts, và họ gặp Luna Lovegood trên chuyến tàu. Rubeus Hagrid vẫn chưa trở lại trường và Dolores Umbridge, một phụ tá của Bộ trưởng Bộ Pháp thuật, trở thành giáo sư lớp Phòng Chống Nghệ thuật Hắc ám. Bà đã được đưa vào để tiếp quản Hogwarts, và không chịu dạy học sinh những phép thiết thực để chống lại Voldemort. Bà được bổ nhiệm là Thanh tra Tối cao và doạ dẫm các học sinh và giáo viên. Cả trường đều ghét bà ta, trừ Filch. Trong năm học, Harry bị cấm túc nhiều lần tại phòng bà Dolores, bị một vết sẹo trên tay hình chữ Tôi không nói dối.Ron được gia nhập đội Quidditch cho Gryffindor. Umbridge cấm Harry, Fred và George Weasley tham gia vì họ đã đánh lại Draco Malfoy. Ginny Weasley, em của Ron, thay vị trí Harry trong đội.

Vì Bộ Pháp Thuật(nói chung) và bà Dolores(nói riêng) không chịu dạy học sinh những phép thiết thực để chống lại Voldemort, chúng đề cử chính Harry Potter dạy cho chúng.Bọn họ tìm thấy phòng Cần Thiết và đặt tên tổ chức là Đoàn Quân Dumbledore.Và cũng trong thời gian đó Harry Potter đã cảm nhận được mùi vị của nụ hôn lần đầu tiên trong đời với Cho Chang

Hagrid trở về, cho biết ông đã làm sứ mệnh với người khổng lồ. Umbridge cho rằng Hagrid và Sybill Trelawney thiếu khả năng dạy học và xem xét kỹ lưỡng họ. Umbridge đuổi việc giáo sư Trelawney nhưng Dumbledore đã cho vị giáo sư môn Tiên Tri này ở lại trường và thay thế bà với Firenze, một nhân mã.Mụ Umbridge ráo riết truy tìm Đoàn Quân Dumbledore.Marietta(bạn thân của Cho Chang)đã tiết lộ cho bà về Đoàn Quân Dumbledore.Tình yêu giữa Harry Potter và Cho Chang rạn nứt.Harry Potter mơ thấy chú Sirius bị bắt. Một phần của Đoàn Quân Dumbledore gồm Harry Potter, Ginny, Ron Weasley, Hermione Granger, Neville Longbottom và Luna Lovegood tham gia chiến đáu ở Bộ Pháp Thuật.Chú Sirius đi qua cánh cổng Tò Vò và mất tích.Có khá nhiều thương vong nhưng Bộ Pháp Thuật biết được Voldemort đã sống dậy.

Một thời đại tăm tối đã mở ra sau khi tên Chúa tể Hắc ám ngang nhiên tái xuất giang hồ. Thế giới phù thủy và Muggle đan xen vào nhau với những rắc rối đau đầu, khiến cho nhà lãnh đạo của cả hai xứ phải hợp sức với nhau giải quyết.

Severus Snape vốn đang bị coi là gián điệp hai mang, làm việc cho cả Voldemort và Albus Dumbledore, được mẹ của Draco Malfoy, là bà Narcissa Malfoy, đến tìm gặp và nhờ giúp đỡ Draco thực hiện sứ mạng to lớn mà Voldemort giao cho. Hai người đã làm phép "Thề Bất khả bội" (Unbreakable Vow) để Snape giữ lời hứa.

Cụ Dumbledore bất ngờ đến nhà Dursley, dù đã báo trước với Harry, để đón cậu bé đi. Họ ghé sang nhà của một ông giáo về hưu, Horace Slughorn, để khuyên ông ta quay về trường để dạy lại vì trường đang thiếu giáo viên. Sau đó hai thầy trò đến nhà Weasley. Harry được ở lại đây cho đến hết mùa hè và cùng nhập học với con cái của gia đình này và Hermione. Bill Weasley, con cả trong gia đình, sắp kết hôn với Fleur Delacour. Trong thời gian đó lũ trẻ nhận được kết quả Kì thi Pháp thuật Thường đẳng. Harry được một điểm xuất sắc cho môn Phòng chống Nghệ thuật Hắc ám và năm điểm giỏi (trong đó gồm cả Biến Hình, Bùa Chú và Độc Dược). Trước khi đến trường, Harry, Hermione, Ron và Ginny được dẫn tới Hẻm xéo để mua đồ đạc dụng cụ. Chúng đụng độ với mẹ con nhà Malfoy. Lát sau chúng đến tiệm Phù Thuỷ Quỷ Quái Weasley của Fred và George Weasley. Rồi theo dõi Draco đến tiệm Borgin và Burkes, phát hiện ra hắn đang âm mưu gì đó.

Trên xe lửa đến trường Hogwarts, Harry và Ginny được mời đến ăn trưa cùng những đứa học sinh khác, đa số là gia đình có chức phận hay nổi tiếng, với thầy Slughorn. Khi trở về toa tàu của mình, Harry mặc chiếc áo tàng hình và đi theo Zabini để vào toa tàu của Malfoy. Cậu núp trên giá đựng hành lý nghe lén những gì Malfoy nói với lũ bạn. Khi tàu đến nơi, nó bị Malfoy phát hiện, bị dính bùa "Đông cứng", đạp bể mũi và nằm trơ trọi dưới lớp áo tàng hình không ai cứu giúp. Cô Tonk phát hiện kịp thời đã đưa nó ra. Thầy Snape đón nó từ cổng trường rồi đi vào.

Thầy Snape năm ngoái đã ra chỉ tiêu là Harry phải đậu điểm Xuất sắc trong môn Độc Dược thì mới được nhận vào học tiếp môn này, nhưng Harry chỉ đạt điểm Giỏi thôi. Tuy vậy năm nay thầy Slughorn lại dạy Độc Dược, và Snape chuyển qua dạy Phòng chống Nghệ thuật Hắc ám, nên Harry được chấp nhận học tiếp Độc Dược, giữ được cơ hội thực hiện ước mơ làm Thần Sáng. Harry cứ tưởng sẽ không được học Độc Dược nên đã không chuẩn bị sách vở và dụng cụ cho môn này. Thầy Slughorn đã cho nó mượn đồ dùng của nhà trường, bao gồm cả một quyển sách giáo khoa bí ẩn. Quyển sách này cũ nát, được viết các ghi chú nguệch ngoạc lên khắp các trang, và thuộc về một vị chủ nhân tên "Hoàng tử Lai". Các ghi chú bằng tay nguệch ngoạc đó khác hoàn toàn với những lời dạy in rõ ràng của sách. Harry thử làm theo cách của người viết bậy bạ này và tạo ra được kết quả chính xác không ngờ, khiến Hermione và Malfoy ghen tị, và lại được thầy Slughorn thưởng cho một chai thuốc Phúc Lạc Dược nhỏ xíu. Harry thích thú và liền tin tưởng quyển sách thần kì này.

Thầy Dumbledore mở một lớp học riêng cho Harry. Nó được thầy dẫn vào các ký ức mà thầy thu thập được về Voldemort để có thể nắm được toàn bộ thông tin về hắn. Thầy cũng đồng thời giải thích cho Harry hiểu về những điểm mạnh điểm yếu của hắn từ những bài học này, và cách khai thác các điểm mạnh của chính mình. Thầy giao cho Harry bài tập là lấy một mảnh ký ức quan trọng về Voldemort mà thầy Slughorn cất giữ. Harry phải độc dược niềm tin yêu có được từ học tập tốt môn Độc Dược để dụ thầy này đưa cho. Nhưng điều này lại không dễ, thầy Slughorn liền nổi nóng khi Harry đề cập đến "Trường sinh Linh giá" (Horcrux), cái mà cốt lõi nó muốn khai thác.

Trong suốt năm học, đã có đến hai cuộc ám sát hụt bí ẩn diễn ra, bất chấp sự bảo vệ nghiêm ngặt. Đầu tiên là Katie Bell bị ếm bùa "Độc đoán" để đem một chuỗi ngọc vào trường và lại chạm vào nó, khiến cô nàng bị bất tỉnh, đem đến bệnh viện Thánh Mungo. Thứ hai là Ron. Vào ngày sinh nhật Ron, nó thấy một hộp sôcôla cứ nghĩ là quà của mình và ăn thử. Thật ra hộp sôcôla đó bị bỏ thuốc si tình của Ronmilda gửi cho Harry vào đầu năm học. Harry lập tức dẫn Ron lên phòng thầy Slughorn xin thuốc giải. Thầy chữa cho Ron xong thì mời Ron uống rượu mật. Nào ngờ trong rượu có độc, Harry liền tìm một viên Sỏi dê và cho Ron uống ngay. Cậu chàng được cứu sống.

Harry được về nhà Weasley trong dịp Giáng sinh. Ở đây Harry gặp tân bộ trưởng Pháp thuật Rufus Scrimgeour. Ông này đề nghị Harry dùng danh tiếng của mình để làm hăng hái tinh thần mọi người. Harry không chịu và tỏ vẻ chống đối, vì ông này cũng chả coi cụ Dumbledore ra gì.

Con Nhền Nhện 8 mắt Khổng lồ Aragog chết vì già. Lão Rubeus Hagrid rủ tụi nhỏ thân thiết nhất xuống dự lễ tang vào đêm khuya. Tụi nó không đứa nào dám đi. Harry quyết định uống thuốc May mắn nhằm lấy ký ức của thầy Slughorn nhưng thuốc May mắn lại khuyên Harry xuống dự lễ tang Aragog. Nó lập tức mặc áo tàng hình lên và đi xuống sân trường một mình. Nó tông phải cặp tình nhân Ginny Weasley và Dean Thomas khiến họ cãi nhau. Khi đi ngang qua khu Nhà kính Trồng cây, nó gặp thầy Slughorn và mời thầy xuống chia buồn cùng Hagrid. Ông thầy liền nghe ngay vì có cơ hội lấy nọc độc của Khổng Nhện. Thế là tang lễ được cử hành, lão Hagrid xúc động vô cùng. Rồi ông thầy già và lão khổng lồ uống rượu, say xỉn ôm nhau hát hò. Harry chớp lấy thời cơ hỏi về cái ký ức kia ngay. Thầy Slughorn đang trong tâm trạng vui vẻ nên đồng ý và đưa cho Harry.

Trong lớp Phòng chống Nghệ thuật Hắc ám, Harry lỡ tay làm thầy Snape té, xấu hổ với học sinh thầy phạt Cấm túc nó. Harry đưa cho thầy Dumbledore cái ký ức và hai người du hành tiếp tục. Họ phát hiện ra một điều vô cùng lớn về Voldemort (chỉ theo phán đoán), đó là hắn có đến 7 Trường sinh Linh giá, tức là có đến 7 mạng sống, mỗi cái nằm trong một thứ vật dụng bí mật gì đó. Đến nay chỉ mới có hai cái bị tiêu diệt, một là quyển Nhật ký Tom Riddle (trong Harry Potter và Phòng chứa Bí mật) và chiếc nhẫn của dòng họ Gaunt (họ ngoại của Voldemort).

Buổi Cấm túc của thầy Snape lại rơi vào trận chung kết Quidditch. Nếu thua hơn 100 điểm trận này, đội Gryffindor sẽ rơi xuống hạng bét lần đầu tiên trong lịch sử, và Harry sẽ bị mang tiếng là đội trưởng duy nhất gây ra tội này. Nhưng may mắn thay, Ginny thế vào vị trí tầm thủ của Harry, đã chiến thắng vang dội, bảo vệ danh hiệu vô địch cho Gryffindor. Ginny và Dean đã chia tay vào cái hôm Harry tông họ. Khi Harry về, mọi người đang ăn mừng, Giny chạy ra ôm Harry. Trong niềm hân hoan chiến thắng, những cảm xúc giấu kín từ lâu được giải tỏa, hai người hôn nhau say đắm, và trở thành người yêu từ đó.

Harry và Malfoy đánh nhau trong nhà vệ sinh. Bằng bùa Cắt sâu mãi mãi mà Harry đọc được từ cuốn sách Độc dược của hoàng tử Lai, cậu đã hạ Malfoy, đúng lúc đó gặp Snape, và ông có một số nghi ngờ về cuốn sách Độc dược của cậu.

Harry phát hiện ra Malfoy lén lút vào Phòng Cần Thiết, nhưng nó lại không thể đột nhập vào để bắt quả tang được. Giáo sư Sybill Trelawney dạy Tiên Tri lần nọ vô tình đi vô và bị Malfoy ếm rồi đẩy ra ngoài. Harry đến giúp đỡ. Giáo sư bảo đã thấy điềm gở đến với Hogwarts, và nhắc lại chuyện Snape nghe lỏm lời tiên tri của bà năm xưa rồi báo cho Voldemort biết khiến bố mẹ Harry chết oan. Harry chợt hiểu ra, thì ra kẻ thù thực sự của mình chính là Snape, không phải Voldemort. Nó gặp thầy Dumbledore ngay để trách thầy vì sao lại giấu nó điều đó. Thầy Dumbledore nhanh chóng làm Harry nguôi giận bằng cách bắt đầu một cuộc phiêu lưu đến hang động gần bờ biển mà Voldemort đã đến thời thơ ấu để lấy cái Trường sinh Linh giá có khả năng ở đó. Harry lấy áo tàng hình theo và dặn các bạn thân đề phòng cảnh giác Malfoy và Snape, đồng thời Harry đưa cho chúng lọ thuốc May Mắn.

Hai thầy trò vào được hang động. Thầy Dumbledore phải cắt máu ra và nhễu lên vách đá mới mở được cửa. Có một cái hồ nước đen thui bên trong, chính giữa là một đốm sáng mờ nằm trên một cù lao nhỏ. Họ phải đi vòng qua bờ bên kia, rồi lên một chiếc thuyền chèo sang. Cụ Dumbledore uống hết chất lỏng màu xanh trong cái chậu giữa đảo (minh họa ở bìa truyện), ngất xỉu và trở nên mộng du cuồng loạn. Harry lấy được cái hộp đựng Trường sinh Linh giá, nhưng lũ Âm binh (xác chết biết cử động) từ dưới hồ leo lên và tấn công hai người. Harry chống cự không nổi, thầy Dumbledore tỉnh lại và đuổi chúng đi. Họ thoát khỏi đó và về lại làng Hogsmeade, nơi mà họ đã xuất phát. Họ phát hiện ra một Dấu hiệu Hắc ám (Dark Mark) trên Tháp Thiên Văn lúc này và vội vàng dùng chổi bay về đó.

Cụ Dumbledore bị Malfoy khống chế khi vừa đến nơi. Harry mặc áo tàng hình và lại bị dính bùa đông cứng của cụ Dumbledore nên không bị phát hiện. Malfoy chần chừ không dám hại cụ. Thì ra nó đã sửa chữa cái Tủ Biến mất (Vanishing Cabinet) để tạo ra một đường thông từ tiệm Borgin và Burkes đến Phòng Cần Thiết, giúp các Tử thần Thực tử đột nhập vào. Lúc bấy giờ, vài tên Tử thần Thực tử chạy đến và thúc giục Malfoy kết liễu vị pháp sư vĩ đại nhất mọi thời đại. Snape bất ngờ xuất hiện và bắn ra lời nguyền Giết Chóc khiến cụ văng khỏi tòa tháp, rớt xuống sân trường. Bọn ác bỏ chạy, Harry đúng lúc hết tác dụng của bùa chú, vùng chạy theo. Bên dưới lầu đang xảy ra hỗn chiến, nhân viên bảo vệ của bộ, giáo viên và các học sinh can đảm hợp sức đánh lũ tay sai Voldemort. Harry vẫn đuổi theo tên sát nhân vô tính người kia xuống tận sân trường. Harry chiến đấu với Snape, nhưng luôn thất bại liên miên, và Snape lại không giết nó và tiết lộ ông ta chính là hoàng tử lai (vì mẹ Snape mang họ Prince (hoàng tử), và cha ông là một muggle nên Snape là prince lai - đây là một cách chơi chữ của tác giả). Snape bỏ chạy ra khỏi khuôn viên trường rồi độn thổ.

Harry chạy lại xác thầy Dumbledore, nó mở cái hộp đựng Trường sinh Linh giá, và chỉ thấy có mẩu giấy của một kẻ nào đó ký tên là R.A.B ghi rằng Trường sinh Linh giá đã bị hắn lấy. Mọi người đều bần thần khi nghe tin cụ Dumbledore ra đi, Hagrid khóc lóc thảm thiết. Giáo sư Minerva McGonagall lập tức nhận chức hiệu trưởng và cho rằng trường có thể đóng cửa ngay năm sau, chỉ vì sự kiện kinh hoàng này. Tang lễ của cụ Dumbledore được tiến hành trên sân trường Hogwarts, trước sư chứng kiến của hết thảy những loại người tồn tại trong thế giới phép thuật và tôn kính cụ. Ngôi mộ Trắng được dựng lên ngay đó, thanh bình và dịu dàng, như nói lên tính cách của cụ.

Harry dự định sẽ không tiếp tục năm thứ bảy tại trường Hogwarts để truy tìm và tiêu hủy các Trường sinh Linh giá còn lại của Voldermort. Hermione và Ron hứa sẽ kề vai Harry đến cùng. Cậu cũng đã lấy hết can đảm đi bày tỏ với Draco. Trong lúc cậu nghĩ rằng mình sẽ bị chế giễu thì cậu lại nhận được 1 nụ hôn nhẹ nhàng và lời bày tỏ của Draco.Vì cả hai chưa muốn công khai nên cứ bí mật hẹn hò. Và chẳng ai biết được.

Sau cái chết của Albus Dumbledore, Chúa tể Voldemort và các Tử thần Thực tử đã xâm nhập vào được Bộ Pháp thuật, giết chết Bộ trưởng và thay thế với một người dưới sự điều khiển của Voldemort. Dưới chế độ mới, một chính sách kỳ thị đã được chấp hành: những người không có dòng máu pháp thuật bị bắt bớ, đăng ký và tước quyền sử dụng đũa phép, một chính sách tương tự như thời Đức Quốc Xã.

Dưới tình hình đen tối này, Severus Snape trở thành hiệu trưởng mới của trường Hogwarts và Harry Potter là "Kẻ Phá Rối số 1" bị truy nã bởi Bộ Pháp thuật. Harry, Ron và Hermione không trở lại trường Hogwarts mà cùng nhau săn lùng và phá hủy các Trường Sinh Linh Giá của Voldemort. Trên đường, họ khám phá ra khá nhiều điều về quá khứ bí ẩn của cụ Dumbledore và các Bảo bối Tử thần-những bảo vật dùng để trốn thoát cái chết.

Với bốn di vật được cụ Dumbledore để lại trong di chúc và sự hỗ trợ của một ân nhân giấu mặt, Harry, Ron và Hermione cùng nhau phá hủy các Trường sinh linh giá, cuối cùng đánh bại Voldemort và cứu thế giới phù thủy, nhưng họ phải trả một cái giá rất đắt với bao nhiêu người thân tử trận trên chiến trường.

Sau khi chiến thắng và công khai mối quan hệ cậu bị mọi người quay lưng xã bạn bè phản bội xã hội ruồng bỏ hay thậm chí tệ hơn cậu bị truy sát.

Ngay bây giờ đây cậu đã bị dồn đến đường cùng sau là vách núi trước là bạn bè đã quay lưng với cậu. Cậu không nghĩ ngợi nhiều liền lập tức nhảy xuống vách núi.

"Anh đi rồi,đi trước em. Trước khi đi đã nói em hãy cố gắng sống thật tốt nhưng em không làm được. Dragon em tới tìm anh đây."