Sau Metro Last Light và Trận D6, tôi là Artyom cùng với vợ Anna, rời khỏi Order để sống ổn định tại trạm VDNKh. Tuy nhiên, sự hoang tưởng và ước mơ được rời khỏi Metro cứ ám ảnh tôi mãi, nó khiến tôi cứ thường xuyên trèo lên lên bề mặt để cố gắng điều chỉnh bất kỳ chương trình phát thanh bên ngoài nào.

Trong một chuyến thám hiểm như vậy, trên đường về nhà, tôi bị một nhóm Watchmen tấn công và được cứu thoát bởi một đội biệt kích Rangers nhỏ. Tôi bị thương. Đại tá Miller quở trách tôi về việc tự ý thường xuyên di chuyển lên bề mặt, và đích thân đi đến Exhibition để chỉ đạo tôi và Anna nhận vị trí trong Order một lần nữa, kỳ này là đào tạo những tân binh của Polis. Lệnh của bố vợ thì tôi nào dám cãi.

Một tuần sau, Anna đang đi cùng tôi nhân một chuyến đi lên mặt đất, trong khi đi qua khu vực cấm của Đảng Hanza, tôi tình cờ gặp một chuyến tàu đi ngang qua Moscow. Chúng tôi sau đó bị Đảng Hanza bắt giữ và nhận ra rằng thế giới bên ngoài đã tồn tại được hơn 20 năm và có hai người đã liều mình đến Moscow để tìm kiếm người thân của họ. Chiếc xe dừng lại và những tay lính Hanza chuẩn bị hành quyết hai người đó trước khi tôi nổi nóng nhảy vào can thiệp, nhưng một phát đạn găm tôi xuống đất, một trong hai người khách cũng bị bắn và bỏ mặc đến chết trong một khe núi đầy xác người.

Dù bị thương nặng, tôi vẫn tìm cách lẻn vào tiền đồn Hanza, và với sự trợ giúp của ông già lái tàu, Yermak, để đi tìm Anna. Người chỉ huy trong tiền đồn tiết lộ rằng cuộc chiến vẫn đang tiếp diễn và tiền đồn đã cố tình gây nhiễu sóng, ngăn chặn bất kỳ ai liên lạc với thế giới bên ngoài và dằn mặt bất kỳ thế lực ngoại lai nào về những người vẫn còn sống ở Moscow.

"Tốc độ này về cơ bản không là gì đối với mấy thằng già như chúng tao"- Yermak

Tôi, Anna và Yermak nghĩ ra kế hoạch đánh cắp tàu để trốn khỏi Hanza và cảnh báo phần còn lại của Metro về tình hình hiện tại. Tuy nhiên, một lực lượng chung của Hanza-Spartan do Miller dẫn đầu, xông vào đoàn tàu và bắt giữ cả bọn. Khi nhận ra người nhà, Miller quay sang lính Hanza và cướp tàu để trốn khỏi Moscow. Họ bị chặn bởi một đoàn tàu bọc thép Hanza được trang bị vũ trang hạng nặng, nhưng tôi đã phá hoại đoàn tàu.

Cách Moscow một khoảng an toàn, Miller tiết lộ với đội về việc các phe phái chính trong Metro, bao gồm các Đảng Hanza, Order, Red Line và Reich, được điều khiển bí mật bởi một thế lực siêu nhiên, chỉ được biết đến bởi vài người trong Metro gọi là Invicible Watchers. Ông kể ngay sau Trận D6, ông đã được họ thông báo là cuộc chiến vẫn đang diễn ra, Moscow đang ẩn mình và chính phủ đã sống sót, cư trú ở vùng núi Ural, và việc tiết lộ thông tin mật này đồng nghĩa sẽ bị xử tử. Biết rằng dù sao tất cả cũng sẽ chết nếu quay trở lại Metro, Miller quyết định đặt tên con tàu này là Aurora và chạy thẳng đến Yamantau.