Một tháng sau ngày nhóm sinh vật lạ rời khỏi Tokyo, dư chấn của sự kiện không gian tại Nakamise vẫn tiếp tục lan rộng – dù âm thầm. Đa phần dân chúng tin rằng đó là một sự cố truyền thông hoặc trò đùa Halloween quá lố. Nhưng trong hậu trường, nơi các lực lượng ẩn danh hoạt động, cơn sóng ngầm đã bắt đầu.

Tiến sĩ Agasa giở từng trang ghi chép dữ liệu không gian – những trang giấy đã bắt đầu cháy sém ở rìa vì tần suất đo đạt vượt giới hạn. Haibara ngồi trầm ngâm cạnh máy tính, nhìn những đợt dao động không gian mới xuất hiện gần rừng Tama. Conan, tay chống cằm, tập trung vào biểu đồ dao động đang hiện trên màn hình.

"Chu kỳ đều nhau, cường độ tăng theo logarit. Có vẻ như ai đó đang mở cổng – và họ đang ngày càng thành công hơn," Conan nhận định, ánh mắt lóe lên vẻ nghi ngờ.

"Không phải là một ai đó..." – Haibara rít nhẹ – "...mà là một tổ chức."

Ở một nơi khác, dưới lòng đất Tokyo – nơi tưởng chừng đã sụp đổ cùng với sự biến mất của Morisaki – một cánh cửa thép khổng lồ mở ra. Một hành lang dài dẫn đến một phòng thí nghiệm tối tăm, nơi những màn hình lớn chiếu hình ảnh những chiều không gian khác nhau: một thế giới mờ đục như sương mù, một vũ trụ chìm trong chất lỏng xanh, và cả thế giới tràn đầy ánh sáng, giống như nhà của Oggy.

Morisaki đứng giữa căn phòng, già hơn xưa, tóc đã bạc trắng hoàn toàn, nhưng ánh mắt lại sắc lẹm và lạnh hơn bao giờ hết. Hắn nhìn chăm chăm vào mẫu sinh vật đang bị giữ trong bể năng lượng: một sinh vật hình nhện pha với bạch tuộc, trôi lơ lửng trong chất lỏng vàng óng. Nó rít lên khi sóng âm cao tần được truyền qua.

"Chúng có thể sống. Nhưng chỉ khi chịu sự điều khiển. Tẩy não lượng tử – giai đoạn cuối đã bắt đầu."

Kỹ sư trưởng gật đầu, nhấn chuỗi lệnh trên màn hình. Một tín hiệu điều khiển được phát ra. Sinh vật ngừng rít, mắt đổi màu – từ đỏ sang xanh.

Morisaki khẽ mỉm cười:

"Hoàn hảo. Một sinh vật lai có thể tồn tại cả trong thế giới này và xuyên trở lại thế giới gốc. Binh lính không cần huấn luyện. Chỉ cần truyền sóng."

Trên màn hình kế bên là danh sách: OG-X17, JMK-Triplet, ZVR-89, MK-B4 – mã hóa cho các sinh vật xuyên giới. Nhưng hàng cuối cùng có đánh dấu: MỤC TIÊU: SINGULARITY-CHILD.

Trong khi đó, một tổ chức khác đã để ý đến những hành vi của Morisaki: Tổ chức Áo Đen. Qua mạng lưới gián điệp dày đặc, họ thu thập được bằng chứng về hoạt động mở cổng không gian cấp cao. Một buổi họp diễn ra tại một biệt thự biệt lập giữa núi Hakone. Gin, Vodka, Vermouth và một nhân vật cấp cao – tên mã là Rum – trực tiếp tham dự.

"Theo mệnh lệnh từ ông chủ, chúng ta không thể để Morisaki độc quyền công nghệ này. Nếu chiếm được thiết bị kiểm soát, chúng ta có thể tạo ra binh đoàn xuyên không gian – không cần dùng thuốc nữa," Rum nói.

Gin gật đầu, ánh mắt sáng lên:

"Một thế giới không cần che giấu, không cần thanh trừng. Chỉ có quyền lực tuyệt đối."

"Nhưng để kiểm soát Morisaki, chúng ta cần một tay trong," Vodka nói khẽ, mắt liếc sang Vermouth. "Ngươi sẽ thâm nhập."

Vermouth, với danh tính giả là tiến sĩ Ryuichi Yanase – chuyên gia về không gian lượng tử – tiếp cận Morisaki như một nhà đầu tư cấp cao. Sau ba tuần hợp tác, hắn dần thuyết phục được Morisaki cho phép mình giám sát một số quy trình thí nghiệm.

Morisaki tuy già, nhưng không ngu. Hắn hiểu rằng đang bị kiểm soát – nhưng đồng thời, hắn cũng lợi dụng chính Tổ chức Áo Đen để đẩy nhanh tiến độ. Hắn cần thời gian. Và hắn cần một thứ mà chỉ Tổ chức Áo Đen có thể cung cấp: thông tin sinh học của một cá nhân đặc biệt.

Ở một chiều khác – nơi Jack, Olivia, Oggy và ba con gián sống – cả nhóm bắt đầu cảm nhận những bất ổn từ không gian. Trăng biến mất suốt một tuần. Mặt đất có tiếng ù ù lạ thường. Dee Dee, Marky và Joey phát hiện những đường vân ánh tím dưới sàn gỗ.

Jack tìm đến Olivia, nói không thành lời nào hoàn chỉnh, nhưng đại ý là:

"Cổng không gian đang mở lại. Nhưng lần này... không phải do chúng ta."

Tại Tokyo, Conan tiếp tục điều tra. Nhưng lần này, cậu không đơn độc. Heiji từ Osaka trở lại. Ran, Kazuha, và đặc biệt là tiến sĩ Agasa – đều vào cuộc. Nhưng Conan nhận ra: nếu suy luận quá rõ ràng, tổ chức sẽ lần ra dấu vết.

Vì thế, cậu đóng vai "kẻ ngây thơ," giả vờ như đang điều tra một vụ trộm sóng truyền hình. Nhưng ẩn dưới lớp vỏ đó là một mạng lưới mật mã liên kết các điểm nhiễu sóng không gian, dần dần vẽ ra sơ đồ toàn bộ hệ thống thí nghiệm của Morisaki.

Cậu phát hiện điểm lõi – nơi đặt thiết bị điều hướng không gian chính – nằm sâu dưới ga tàu bỏ hoang phía Bắc Tokyo. Một vị trí lý tưởng để vừa che mắt chính quyền, vừa dễ dàng mở cổng đến bất cứ nơi nào.

Conan cài thiết bị ghi hình siêu nhỏ vào một lô hàng chứa sinh vật vừa bị bắt từ chiều không gian khác. Cậu cần bằng chứng, và cần tìm cách phá hoại mà không bị phát hiện.

Một buổi đêm, cánh cổng mở ra lần nữa – nhưng lần này, thứ bước ra không còn là sinh vật lạ. Đó là một hình nhân mang dáng người, nhưng đôi mắt là vô hồn. Nó lao vào trung tâm Tokyo và bắt đầu phá hoại. Tin tức tràn ngập: "Robot sinh học tấn công Tokyo?"

Conan, Haibara, và Heiji biết: đây là bước thử nghiệm đầu tiên của quân đội xuyên giới. Nếu không dừng lại ngay bây giờ, mọi thứ sẽ không thể cứu vãn.

Conan quyết định dùng chính thiết bị lượng tử để phản công – bằng cách tạo một tín hiệu phản tẩy não, phát ngược vào trung tâm điều khiển. Nhưng để làm điều đó, cậu cần đưa một người vào bên trong, và người đó là...

Ran.